新疆的石油、石化企業產值占當地工業增加值的70%，但是這些企業中間，相當一部分都是中央企業。根據現行稅制，這些企業在北京進行所得稅合并申報納稅。
財政部的官員和部分專家學者為此專門召開了一個討論會，據參加了這個討論會的專家稱，這次討論會并沒有拿出明確的意見。
新疆維吾爾族自治區石油、天然氣、煤礦等能源儲量豐富。2006年新疆國民生產總值突破3000億元，全口徑財政收入完成484億元。不過新疆財政廳法制稅政處處長尹芳說：“新疆GDP每年的增長速度很快，但財政收入卻低于全國的平均水平，財政收入和GDP不成比例”。
由于石油、石化企業占新疆GDP的比重大，這些企業增長一點，整個新疆的GDP就會有比較明顯的增長，但因這些企業稅收不在新疆繳納，財政收入就出現了與GDP不符的現象。
目前企業所得稅為中央和地方共享稅，分成比例中央為60%，地方拿40%，但是，由國務院批準成立的企業集團分別有針對性的文件。中央企業所得稅實行總部匯總繳納。比如根據《國家稅務總局關于中國石油化工股份有限公司繳納企業所得稅有關問題的通知》以及補充通知，中石化分布在新疆的眾多中石化銷售公司進行合并納稅申報后，再上報中國石化(9.49,-0.15,-1.56%)銷售有限公司，在北京進行所得稅合并申報和繳納。
央企所得稅分成的問題新疆已經呼吁多年，去年9月，新疆維吾爾族自治區政協副主席阿不都卡德爾·乃斯爾丁在全國政協會議上發言時，就曾提出，希望在新疆實行石油石化企業所得稅分享政策的愿望。2005年新疆石油石化企業實現稅收收入148億元，留歸地方的僅24億元。他建議國家將石油石化行業的所得稅收入作為中央與地方共享收入，按6：4的比例分配。果真如此，新疆可以拿到近60億元的稅收。
本報獲悉，此次進京，新疆財政廳官員的期望并沒有此前新疆自治區政協副主席提得那么具體，但充分表達了愿望。“在新疆經營著很多中央企業，它們的總部不設在新疆，稅收流向區外，而且幾乎都是資源型企業，把資源拿走卻得不到稅，中央應該考慮在稅收分成上制定一些對新疆有利的政策或在轉移支付等方面加大力度，或是讓這些企業對新疆有一些彌補。”自治區財政廳副廳長王富強說。
新疆財政廳方面稱，如果今后還是這種現狀，新疆將不得不考慮提高中央企業在新疆的投資門檻。
“稅收和稅源背離不單是新疆的問題，有資源的省都存在，而且每年兩會期間，一些省份一把手進京后，稅收分成是提得最多的，但新疆的問題比較突出。”中國社科院財貿所研究員何振一說。
1994年分稅制改革之后，中央與地方分別征收中央企業和地方企業所得稅，但隨著企業轉型改革，中央與地方企業性質無法清晰界定，帶來了很多紛爭，加之中央財政財力明顯感覺到力不從心，2001年，企業所得稅改為中央與地方共享稅，分成比例中央60，地方40。但對國務院批準成立的企業集團，則有另外的規定。
“從總體上來講，新疆工業還不是很發達，除了石油、石化企業以外，其他的企業基本上也沒有上規模”，新疆財政廳法制稅政處處長尹芳認為，石油石化企業的增減變化對新疆的影響非常大。
財政部財政科學研究所一位研究員說，石油石化企業這兩年利潤高，會引起地方政府的關注，他們分享石油石化企業所得稅的愿望也會更加強烈。
從石油企業本身來講，所得稅歸中央或地方共享，對企業稅率、稅額沒有影響。但地方政府認為，在我們地盤上生產經營，就該把稅留在這里；而中央政府的觀點是，已經通過轉移支付彌補了地方的損失。
“新疆的訴求上層會考慮，最后可能會在收入劃分的時候給予一定優惠。但目前按照新疆的要求例如六四分成，估計很難。”
一位參加了討論會的專家說，現在的體制不能只對新疆一個地方來改，現在每個省都想要，所以中央企業所得稅分配要統籌解決，比如中石油中石化過去盈利不多，現在多了，是不是納入到中央地方分享的范圍？但是在沒解決之前，只能用轉移支付等方式對地方進行補助。
